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民國64年5月15日，教育部聘請韓偉教授為首任院長 。

民國73年6月，教育部聘請于俊教授擔任第二任院長。

民國79年6月，教育部聘請韓韶華教授擔任第三任院長。

民國83年8月4日， 張心湜教授擔任醫學院院長。

民國86年， 張茂松教授擔任醫學院院長。

民國88年，何橈通教授擔任醫學院院長。

民國94年，李建賢教授擔任醫學院院長。

民國100年2月至100年7月，林幸榮教授擔任醫學院代理院長。

民國100年8月至103年7月16日，邱文祥教授擔任醫學院院長。

民國103年7月17日，陳維熊教授代理醫學院院長。

民國104年2月迄今，陳維熊教授擔任醫學院院長。